朱載坖想要南巡，首先當然是要和內閣商量此事，畢竟朱載坖不是武宗皇帝，不能搞出夜奔的鬧劇，朱載坖是要正式的南巡。
朱載坖將自己的意思透露給內閣的輔臣們，對於朱載坖想要南巡的意圖，其實他們是早就知道的，但是從朝局的穩定來說，內閣是不願意朱載坖南巡的，但是朱載坖決心已定，再加上現在太子已經冊立，再拿國本未定已經無法阻止朱載坖了，再加上朱載坖現在已經坐穩了位子，根本不容他們反駁。
原本這種事情，都是以科道言官作為反對皇帝的主力，但是經過朱載坖的兩次庭杖之後，科道言官明顯不敢再和朱載坖硬扛了，倒不是說他們怕死，隻是明知必死再去和朱載坖叫板就沒意思了，而且朱載坖現在對於凡是被杖死的官員，一律削籍，不準記錄，這就使得言官們挨庭杖最大的動力沒有了，畢竟挨庭杖是為了求名，豁出命來結果還要被削籍，不準記錄，這種賠本的買賣他們可不幹。
現在言官就算是上疏也相對溫和了很多，而且再也不搞什麼抱團上疏了，他們很清楚，朱載坖最厭惡的就是言官抱團，一旦出現這種情況，朱載坖肯定會對言官加以嚴懲的，一般的上疏朱載坖就直接給你留中不發，根本不搭理你。
但是作為首輔，李春芳肯定是要出來阻止朱載坖南巡的，李春芳說道：“陛下，現在南巡時機並不成熟，且陛下為大明至重，輕離京師，終為不妥，前代之鑒，陛下宜警也！”
雖然 李春芳沒有說前代是哪個前代，但是朱載坖很清楚，李春芳說的就是英宗皇帝，自己跑到瓦剌去留學，搞得現在大明臣子對於皇帝離開京師是極為抵觸。
大臣對於帝王出京巡狩是十分抵觸的，哪怕是紫禁城天氣熱，帝王去西苑等地消消暑，大臣們也覺得彼處不可久留。究其原因，帝王巡狩或去郊區休養，終歸了是離開了紫禁城這一權力中心，常朝等不免受到影響，且帝王的言行更難被朝臣們窺知，大臣們不放心！
而且大明皇帝南巡，確實是屢生事端，之前嘉靖南巡承天府，也是事端頻出，經過衛輝府時，更是遭遇火災，險些喪命，這使得朝臣對於皇帝離京更加忌諱，生怕因此出了什麼事情，但是這次朱載坖心意已決，根本聽不進輔臣們的勸諫。
朱載坖首先給在南京的張居正下旨，要求他察看南京宮殿，並且會同南京內守備劉忠加以修整。
朱載坖下旨修整南京宮殿的事情迅速在朝廷引發了波瀾，大明的官員都是人精，朱載坖莫名其妙的要求修整南京宮殿，這事肯定是不尋常的，他們一下子就將此事和南巡聯係起來了，這事太明顯了，要是朱載坖不想去南京，怎麼會突然要求張居正等人修整南京宮殿呢？
於是以左都禦史葛守禮等人為首的言官們紛紛上疏，認為現在太子年幼，朱載坖不能輕離京師，並且直接將此事給朱載坖挑明了，言官們認為巡幸南京，勞民傷財、不利於皇帝安全、容易使天子耽於遊樂，請求朱載坖不要輕動，同時又把英宗留學瓦剌和嘉靖南巡遭遇火災兩件事情拿出來作為理由勸諫朱載坖。
希望朱載坖以大明社稷為重，不要輕離京師，大明差點因英宗親征而亡國，因此後世朝臣對皇帝遠離京師十分戒懼，生怕自己規勸不力，耽誤了社稷。
朱載坖也引經據典，加以批駁，真以為朱載坖在裕王府那麼多年的書是白讀了？朱載坖找到了兩條依據，第一是詩經有言，君子至止，言觀其旗。
第二是孟子告子篇：天子適諸侯曰巡狩，巡狩者巡所守也。諸侯朝於天子曰述職，述職者述所職也。無非事者，春省耕而補不足，秋省斂而助不給。夏諺曰：吾王不遊，吾何以休；吾王不豫，吾何以助。一遊一豫，為諸侯度。
朱載坖認為亞聖都認為天子應該有巡幸，憑什麼朕就不能巡幸南京了。
朱載坖的這個態度顯然激怒了科道言官，左僉都禦史吳時來上疏朱載坖稱：三代之時，巡狩所以不得不行者，時與勢也！今陛下巡幸，舍九重萬乘之安，而出萬有一危之途以為娛。今水旱頻仍，流亡遍野，而乘輿一出，扈從千官，騎乘糗芻，供億匪易。昔周穆致祈招之箴，漢武來逆旅之辱，即前代英武二宗，具有明鑒。
吳時來大有和朱載坖論戰的架勢，這幫人都是職業選手，朱載坖還真罵不過他，對於吳時來的奏疏幹脆留中不發，不予迴應。
同時遣內官監太監李芳察看龍舟等，準備南巡的車駕舟船等物，朱載坖的不聽勸諫使得臣子們更為激憤。
刑部左侍郎董傳策上疏朱載坖，稱：陛下萬乘之尊，不居法宮，常常遊幸，道路喧傳，甚為不便。萬一變起倉猝，何以備之？同時董傳策還以子之矛攻子之盾，朱載坖不是拿孟子中的話還為自己巡幸找理由嗎？董傳策也拿孟子中的話來勸諫朱載坖，他在奏疏中說道：陛下言孟子之言，豈不知曾言師行而糧食，饑者弗食，勞者弗息，涓涓胥讒，民乃作匿，方命虐民，飲食若流，流連荒亡，為諸侯憂。竊以為聖學精進，當知此言也！
董傳策的陰陽怪氣差點把朱載坖給整破防，但是朱載坖很清楚，對於這種奏疏不能理睬，朱載坖一麵加緊準備南巡的各項事宜，一麵對於官員的上疏一律留中不發，根本不予理睬。
從京師去南京，最好當然是走運河方便，但是大隊的護衛官軍不可能全部通過運河走的，同時隨扈的臣子，護駕的將官這些都要先選定。
朱載坖於是召提督宣大軍務總兵官、豐州伯馬芳率六千精騎赴京師，以宣府鎮總兵官李成梁暫代提督宣大軍務總兵官，同時下令給戚繼光整頓親軍四衛，補充軍器甲胄等。