朱載坖對於蜀藩的處罰不能不說嚴重，其實大家都很清楚，蜀藩的這些罪狀，多少有些勉強，雖然違製是真，但是謀反是絕對談不上的。
藩王們都很清楚，蜀王之所以會被嚴懲，主要就是因為對抗朱載坖的新政，其實這點大家都是心照不宣的，藩王們都很清楚。
而現在朱載坖將朱宣圻留在京師，說是教育，實際上就是就蜀王換了個地方圈禁罷了，京師和鳳陽又有什麼區別呢？
而處理完蜀王之後，朱載坖正式對藩王們下手了，在直隸、山西、河南等北方諸省也開始清丈田畝，朱載坖很清楚，和南方多是士紳不同，在北方的田地主要是被藩王、勳臣、軍官們所霸占，清丈田畝的對象也主要是他們。
朱載坖下旨，令各親王、郡王還有勳臣各自上報自己的家中的田地，朱載坖在上諭中說的很清楚，親王之國後，通過朝廷欽賜或者主動請乞，諸王皆擁有一定數量的田地或湖泊。這些都是合法的，朱載坖也不至於說要將藩王們趕盡殺絕，所有的土地都要起科，這也不現實。
隻要是朝廷或者先帝們賜予的，朱載坖在核實上諭之後，一律予以承認，這些土地是不用交稅的，朱載坖要清丈的是他們違法投獻或者直接侵占的土地，這些都是直接損害朝廷的利益，朱載坖不能容忍。
所以朱載坖令翰林院在起草詔書的時候特地說明此事，在上諭中稱：“諸卿欲得一鄉田土與庶子耕牧，朕不吝惜，但於民無損，於禮無違， 足為朝廷經久通行之法可也。然鄉民所賴以足衣食，朝廷所承以租稅，稽之祖訓， 亦無撥賜田地之例。朕不欲卿等違祖訓而損賢德。”
朱載坖要求各家藩王等清查自己所有的土地，自行清退投獻的侵占的土地，同時責令司禮監、翰林院、戶部查詢檔案，將藩王、勳臣欽賜、奏討、祈請的土地數量一家一家弄清楚，然後以州府為單位，發給地方官府，作為清丈田畝的依據。
同時朱載坖要要求清丈絕嗣、除國藩王的土地，還有王府護衛遺留屯田，這些之前都被朝廷給忽略了，朱載坖現在當然不會忽略這些，要求將這些都納入清丈田畝的範圍。
還有就是藩王們裝填租稅的問題，這些藩王們對於手下人約束不利，往往使得他們借機對百姓征收高額的田租，使得百姓們苦不堪言，如山東的德王，莊田夏地每畝折收銀七分四厘，秋地每畝折銀五分，征收過高，百姓貧苦，朱載坖在詔書中要求藩王、勳臣的莊田田租，不允許他們的田租超過官田的賦稅。
朱載坖明確告知他們，如若發現他們橫征暴斂，就會禁止王府、勳臣管理莊田，由有司代管，而一旦有朝廷接管他們的莊田，那麼賦稅就是一定的，按照朝廷的規定，佃戶照原定則例將該納子粒每畝征銀三分，送赴本管州縣上納，令各該人員關領，不許自行收受。
除了清丈田畝之外，朱載坖另一個要做的事情就是禁止這些藩王、宗室、勳臣們染指鹽政和商稅，朱載坖就此事還專門下達詔書，朱載坖認為，鹽政乃國之命脈，百姓賴以求生，九邊賴以資軍，朝廷賴以取稅，故鹽政之重，倍於他務。各王府、宗室、勳戚，不準擅支食鹽，占引窩本，更不準販運私鹽，違者嚴懲。
之前為了補貼宗祿，賜予各藩王的鹽引，全部廢除，各藩王所用食鹽，就近支給，親王每年五百引，郡王三百引，各按等級支取，不準祈請、奏討鹽引，違者必置之重典。各處的鹽池、鹽場，都是朝廷命脈，不許搶占鹽池、鹽場，役使鹽丁等。
還有就是商稅的問題，在國初的時候，由於一些藩王的奏討，將部分的課稅司劃歸藩王，這個也被朱載坖所禁止了，所有的課稅司和收取商稅的衙門都必須統一由提督鈔關衙門管理，所收取的商稅都要解運太倉，凡是膽敢私自收取關稅的，以謀反論處。
朱載坖剝奪了藩王和勳臣們這麼多的特權，當然也要對他們照顧一二，以安撫他們的情緒。朱載坖在和戶部、地方撫按商量之後，頒布了新的宗祿條例。
在宗祿條例中，明確規定將宗祿的發放納入地方官員的考成中，凡是拖欠宗祿的，一律不予升遷，要保障宗祿按時、足額發放，同時在地方出現災荒的時候，可以直接向朝廷申請，有朝廷撥付宗祿，總之就是之後的宗祿是有保障的。而對於宗祿壓力最大的河南、山西兩省，朱載坖在和地方官商量之後，決定這兩省的宗祿由朝廷和地方州縣共同分擔。
從地方留存中出五成，朝廷太倉以京運銀的形式在支付五成，保證這兩省的藩王宗祿能夠按時、足額發放。
而對於拖欠宗祿，朱載坖也明確告知藩王們，嗣後再有拖欠宗祿的情形，可以直接向朱載坖陳奏，也可以向巡按禦史陳奏，巡按禦史獲知此事後，必須立即調查，責令州縣足額支付宗祿。
當然除了上諭和條例之外，更重要的派遣官員去督促清丈田畝的事情，朱載坖很清楚，這些藩王、勳臣們可不是什麼省油的燈，要他們心甘情願的將土地交出來是絕無可能的，所以必須要派遣能臣幹吏，督促此事，而朱載坖想到的人選就是大明神劍了。
朱載坖下達命令，原右副都禦史巡撫順天海瑞，升右都禦史，巡撫順天、山西、河南，專督清丈田畝，為了加強海瑞的權力，使之能夠對付這些宗室、勳臣們，朱載坖賜海瑞王命旗牌、天子劍、金令箭，給錦衣校尉充巡撫標營，有不法者，即行治理，再奏聞京師即可。
同時令海瑞代天巡狩，整飭吏治，州縣官吏有不稱職者，許便宜行事！