朱載坖還要求對於在大計中發現的各種貪墨、不法等事，要立即移送法司，從嚴懲處。
朱載坖還催促吏部和都察院，加緊製定有關大計的各種考核條例，加以執行。而從南京趕迴京師的張居正，也入閣辦事了。
朱載坖第一時間召見了高拱和張居正，兩位輔臣行禮之後，朱載坖說道：“張師傅督師南京，勞苦功高，此番迴京，還有借重於張師傅啊！”
張居正連忙辭謝，高拱說道：“陛下，臣和張閣老商量之後，有些事情還是想要和陛下說說。”
朱載坖請高拱直言，高拱希望朱載坖將張居正在東南的清丈田畝和賦役新政，在全國範圍內推行。
對於清丈田畝，朱載坖自然是讚同的，但是對於張居正的賦役新法，朱載坖還心有疑慮。朱載坖說道：“清丈田畝，理應在大明推行，這賦役新法，實在是幹係甚至，尤其是幹係到百姓之生計，不可不慎啊。”
朱載坖對於賦役新法，最擔心的事情就是其中大量的折色，因為大明現在的物價是很不穩定的，士紳們和地方豪強可以輕易的操弄物價，一旦大麵積折色，會使得百姓們遭受第二次盤剝，這是朱載坖所不願意看到的。
故而對於張居正的賦役新法，朱載坖一直都很慎重，朱載坖很清楚，朝廷固然是缺錢，但是對於朝廷來說，更加重要的是維護地方的穩定，一旦實行大規模的折色，富商豪強，在收獲之時操弄物價，甚至和官府勾結，最終受苦的還是百姓。
朱載坖也向兩位輔臣表達了自己的擔憂，大規模的折色對於江南等地來說，還可以接受，畢竟江南經濟發達，百姓相對富庶，還能夠承受這些折色可能帶來的實際賦稅增加，而對於北方，尤其是西北省份，當地百姓本就貧窮，朝廷要是再一味折色的話，這些百姓恐怕很難承受的起。
而且一味折色，對於朝廷的應變能力也有極大的影響，一味的征收折色，會導致朝廷的各級倉儲不足，應對天災人禍和軍糧的儲備都會下降，這點是朱載坖最為擔心的事情。
麵對朱載坖的擔心，張居正也給出了自己的解決辦法，就是由朝廷在秋收的時候直接出錢從百姓手中收購糧食，穩定糧價，同時規定一個最低的糧價，避免出現穀賤傷農的情況。
張居正所言的辦法，確實是一個解決問題的辦法，但是並非是治本之策，朱載坖很清楚，即便是朝廷出錢去收購百姓手中的糧食，並且製定一個最低糧價，真正執行到地方，受益的是否是百姓，尚未可知。
但是另一方麵，朝廷現在銀兩的開支也是越來越大了，不管是官員俸祿、工程營造、士卒軍餉，都需要大量的銀子，折色顯然是必由之路，這才是朱載坖最為難的地方。
其實朱載坖很清楚，對於百姓來說，可怕的不是朝廷的正稅，就大明規定的田賦和徭役折銀的正稅來說，其實並不算多，可怕的是地方衙門的火耗等附加稅，雖然朱載坖已經下令實施火耗歸公和統一火耗標準等政令，但是以大明之大，不怕死的官員還是有的，朱載坖相信，始終是有人在違背朝廷政令，擅自加耗的。
如果要征收折色，朱載坖思考的是，能否將火耗去掉。其實能夠去掉火耗的辦法也很簡單，就是使用標準鑄幣，但是現在大明的銀、銅都不夠，朝廷每年的鑄幣不過三五十萬貫，遠遠不足民間使用，而銀幣的鑄造難度又很大，朱載坖雖然下令天津寶源局想辦法鑄造銀幣，但是效果都不是很好，主要就是防止盜刮銀幣的措施始終無法解決。
盡管朱載坖知道銀幣滾邊可以防止盜刮銀幣，但是在現在的技術條件下，要實現這個工藝，難度是極大的。
朱載坖在和高拱、張居正再三商量之後，決定在全國推行清丈田畝，將清丈田畝納入官員考成。
而對於賦役新法，則是謹慎的多了，在南方，由浙直向江西、湖廣、福建、廣東、四川推行，但是和在浙直一樣，並非是賦役全部折銀，而是正稅仍舊征收本色，將徭役予以折銀，同時將張居正的一應保險之法在各地推行，在糧食收獲時節，規定最低糧價，防止穀賤傷農。
而在北方，朱載坖推行賦役新法就更加的謹慎了，朱載坖隻同意現在直隸推行，和在南方一樣，同時還要建立起各級倉儲救災機製，重視荒政，加大朝廷對於救災的重視程度，由戶部、內承運庫、地方藩庫三方出銀，豐收時在民間直接收儲糧食，用於防備災荒和臨時接濟軍糧。
對於這些倉儲，朱載坖是十分重視的，要求地方州縣官府、按察使、巡按禦史、戶部都要加強對這些倉庫的巡視，朱載坖還會隨機派遣官員予以檢查，首先在整個北方，河南、山西、山西、直隸、甘肅等地推廣起來。
至於什麼時候能夠完整推行賦役折銀，朱載坖認為隻要當朝廷能夠真正掌握鑄幣權的時候才能夠想此事，朱載坖對兩位輔臣說道：“兩位先生，朝廷的賦稅，不取之於農，就取之於商，曆來國庫虧空，要麼打老百姓的主意，要麼打商人的主意。但是朕有一句話，曆來造反的都是種田的人，沒聽說商人能鬧翻了天。做什麼事情，都要想到這點，為政便不難了。”
麵對著自己的兩位輔臣，朱載坖說道：“二位先生，這些鹽商不法，朕可以派錦衣衛，派官軍去將之抄家滅族，可是百姓活不下去造反作亂，朕又該怎麼辦？一府一縣，朕也可以派遣官軍加以討平，倘若是一省，又或者是幾省呢？朕該怎麼辦？也命令官軍刀槍相向？朕有那麼官軍，朝廷給得起這麼多糧餉嗎？朝廷之為政，一定要讓百姓活的下去，否則話，隋煬、商紂之禍，殷鑒不遠矣！”