對於朝廷官製，朱載坖主要是分為地方和中央兩部分，對於地方的官職調整又分為官員和吏員，對於吏員的調整主要是針對吏員數量的調整，朱載坖和戶部、吏部等商量之後，認為應該按照轄區的人口數量的多寡和經濟的發展情況配置吏員。吏員改革的目的主要是為了加強朝廷對於吏員的管理和對於地方州縣的管理，從而減少之前的胥吏苛待百姓，架空官員的事情。
而對於地方官員的改革則是對於權力的分割，現在地方正印的權力過大，使得他們疲於應付，大量的案件都要地方正印來審理，朱載坖認為其實完全沒有必要，朱載坖認為將司法權從地方州縣衙門正印的手中剝離開來，避免這些州縣正印權力過於集中。
所以朱載坖朱載坖在和內閣輔臣、六部尚書、都禦史等重臣商討之後，認為從縣到州府，都應該設置推官，用以管理地方的州縣的司法案件，同時在州府，由通判負責管理這些推官們，專門負責管理地方州縣的治安和司法，巡檢司抓獲的各類人犯，也要送推官處審斷。
同時在省一級，一樣設立複議審核機關，令大理寺在各布政使司設立分司，百姓將案件上告到按察使司之後，如果百姓對按察使司的結果不滿的話，可以直接到大理寺分司要求複審，而和朝廷派往地方的巡按禦史一樣，大理分司屬於欽差性質，分司長官由大理少卿兼任。
為此，朱載坖還和禮部、國子監商議，在科舉中恢複明法科，在國子監亦設立明法科，明法科出身的進士給同進士出身，分配到各州縣擔任推官，升遷也主要在法司係統中完成。
朱載坖下達詔令，自隆慶十一年正月初一日起，各地府州縣正印不再受理地方案件，改由推官負責，形成縣尉負責治安、偵查，管理巡檢司，縣推官負責初審，府州由同知管理各縣縣尉及巡檢司，通判管理推官，負責二審，而到了省一級，則是形成了由大理寺分司和按察使司分管複核和通省治安的局麵。
當然，如果對於大理寺分司的結果還不滿意，百姓就可以進行京控，也就是俗稱的告禦狀，朱載坖取消了之前對於京控的種種限製措施，同時將順天府受理京控的權限予以取消，朱載坖隻規定，必要要經過大理寺分司審斷或向巡按禦史舉報之後仍舊不服的，才能夠進行京控，但是一旦百姓進行京控，各地方官不允許截拿，一經發現，正印立即罷官削籍，永不敘用。
同時，規定京控的接受衙門僅為刑部、大理寺和都察院，到其他衙門京控的，一律不予受理，將人員和訴狀送三法司受理，對於京控案件，三法司必須單獨處理、單獨匯報，不允許混雜在其他案件中想朦朧過關，每月要將各衙門受理的京控案件、處理情況等整理成冊上奏內閣，由朱載坖親自查閱。
而張居正還建議，將地方推官單獨設立官署，用以審判案件，這個建議也得到了朱載坖的認同，命令各州縣要為推官單獨設立官署，不與州縣衙門在一起，以便推官的審斷不受正印官的影響。
除此之外，對於地方官製的改革主要在於行政區劃的調整，朱載坖和內閣商量之後認為現在大明的行政區劃都是太祖時製定的，一些州縣人口滋生，若仍舊按照原來的州縣設置顯然不妥，還有一些地方原本是衛所，但是日漸興盛之後形成大的城市，再由原來衛所進行管理已經不合適了，所以朱載坖命令內閣、戶部、吏部、兵部等詳細商量，對大明的行政區劃進行調整。
最明顯的就是天津三衛了，原本這裏隻是因為成祖靖難時駐蹕過，將此地更名為天津，即天子之渡口之意。在三岔河口西南的小直沽一帶，設衛築城。但是現在天津已經成為北方雄鎮，再仍舊由衛所管理顯然不合適，所以朱載坖在和內閣等商議之後，決定設立天津府，下轄天津、鹽山、青縣、慶雲、南皮和靜海六縣和一個直隸州滄州。朱載坖決心以此為契機，重新厘定大明的行政區劃。
在中央官製方麵，朱載坖主要做的是將原本的由朱載坖設立的臨時官署完全正規化，確定品級，明確下屬單位的權力範圍，主要是曆代先帝和朱載坖即位以來設立的各個衙門，屬於吏部的有吏部流外銓選院，屬於戶部的最多，總督倉場、總督糧儲、總理鹽政、提督鈔關、提督海關，屬於禮部的理藩院，屬於刑部的提督巡檢司，朱載坖命令將這些衙門全部正規化，職掌寫入會典，不再是朝廷的臨時衙門，而是朝廷的正式官署。
除此之外朱載坖今年的一個大動作就是準備恢複京操班軍，京操班軍原本是京營的主力，也是京營兵力的主要來源，班軍者，衛所之軍番上京師，總為三大營者也，永樂十三年，成祖下旨，河南、山東、山西、陝西各都司，中都留守司，江南、 北諸衛官，簡所部卒赴京，以俟臨閱。京操自此始。
按照成祖的規定，京操班軍的員額是十六萬，這些從地方揀選而來的衛所精壯之士，一方麵在京營接受訓練，準備出征，另一方麵也是加強京師的實力，防止出現外重內輕的局麵，同時使地方無事的內地都司衛所得以訓練，能夠保持一定的戰鬥力。
原本這是一個非常好的製度，但是實際執行中確實不斷走樣，首先就是衛所軍士的大量逃亡，還有地方都司對於京操的抗拒，地方各都司衛所對於京操都是極為抗拒的，成祖在時，尚能夠壓製這些反對之聲，強硬的將京操推行下去，等到成祖駕崩，各都司衛所就開始敷衍塞責，以種種理由抗拒京操。
同時朝廷對這些京操軍士也是一言難盡，往往讓他們役作苦工，使得軍士們對於京操也十分抗拒。