對於陸繹的請求，朱翊釴不敢作出決定，一來是他深知錦衣親軍是天子親兵，自己還不是天子，就直接指揮天子親兵，這是犯忌諱的，二來就是海瑞不同意將所有涉案官吏全部下詔獄，海瑞可是蹲過詔獄的，他雖然沒有遭到錦衣親軍的刑訊，但是詔獄裏麵是個什麼情況，海瑞還是很清楚。
所以海瑞認為涉案的小吏可以下詔獄，但是涉案的官員還是要先下都察院獄，等都察院審理清楚之後，再移送詔獄也不遲。
朱翊釴認為，此事重大，還是應該奏報請旨之後，再做處斷，將這一幹官吏先全部控製在戶部。
而在文華殿，朱載坖命文書房太監將曆年以來盜取庫銀的案件奏報找出來，朱載坖要看看，結果發現，太倉庫銀被盜，在大明還不是一件稀奇的事情。
太祖朝的郭桓案就自不待言了，從成祖、宣宗、英宗、憲宗以來，曆朝都有盜取庫銀的事情發現，並非什麼很稀少的事情，就比較近的來說，嘉靖四十年，戶部書手蔣曉因為偽造戶部印信及太倉庫關防盜取庫銀被處斬，嘉靖三十一年，刑部尚書應大猷、管理太倉庫員外郎汪有執因為一樁盜竊太倉庫銀的案件被世宗罷免。
正德五年，戶部管庫主事因庫役盜竊太倉庫銀而被降級調外任，這種案件在大明並非什麼稀奇的事情，甚至自己即位之後也有發生。
隆慶二年，由於太倉庫監督官員每半年甚至一個月就更替一次，前任、後任官 員相互交接時並不開庫對其內的存銀進行仔細核對，典守官攢於是可以趁機買通軍匠從太倉庫中偷竊庫銀。隆慶二年九月，盜竊外庫與老庫銀的典吏被仇家告發，於是太倉庫現任監督官員及前後接管官員都受到了不同程度的懲處。
同時加強了對於外庫的管理，朱載坖也發現了一些端倪，之前的庫銀被盜，主要發生在外庫，因為外庫的銀子流動大，各級官吏勾結起來，通過偽造關防的形式，可以很容易的盜取官銀，之前發生的這些庫銀失竊的案子，也多發生了外庫，老庫少見。
但是從隆慶二年的案子之後，在馬森、葛守禮還有高拱等人的嚴厲整頓之下，朝廷加強了對於太倉的監管，尤其是對於銀兩流動大的外庫的監管，隆慶二年規定，外庫銀兩逐一查盤明白，封鎖完固，巡視衙門查明交代完日，題知該庫另造冊五本，一存庫、一送巡視、一送總督、一送戶部、一送戶科各存照，彼此互相覺察，同時每月遣科道禦史盤查外庫銀兩，造冊報知戶部和內閣。
每兩月，在戶部尚書、都察院都禦史、戶科給事中、錦衣親軍和東廠官校的親自監督下，盤查太倉外庫，有賬目不符的立即予以懲處，可以說從隆慶二年之後，朝廷對於外庫的監督是極為嚴密的，隆慶四年，朝廷頒布新鑄的砝碼給太倉庫，同時再次加強對於太倉的監督。
戶部左侍郎王國光上疏，將將太倉周圍銀匠遷走，並禁止在庫應役的匠工與外人往來，同時禁止任何外人進入太倉銀庫，兵部調派親軍諸位輪流值守銀庫，錦衣親軍和東廠番子也要輪流在銀庫外值守，除了銀庫官吏之外，隻有戶部尚書、巡庫禦史、戶科給事中在每兩月的盤查外庫中可以進入太倉銀庫。
同時對於老庫，封鎖完固，不到每年巡察的時候不準打開，朱載坖明白，這就給了太倉中的這些碩鼠機會，朝廷對於外庫肯定是極為重視的，他們要想和之前一樣，通過偽造關防等方式直接盜取外庫的銀兩顯然是不現實了，所以他們將目標瞄準了老庫，因為老庫平日是不動的，每年的巡察也不會將所有的木鞘都打開檢查，這就給了他們作假的機會。
而且朱載坖查看了之前對於太倉庫銀失竊的懲處，朝廷雖然會將一些低級官員和小吏處以極刑，但是更多的時候，戶部的堂官往往成為背鍋俠，嘉靖十一年十一月，總督倉場戶部尚書王堯封因太倉庫官攢在收放白銀的過程中作弊而被命致仕，嘉靖二十六年，戶部尚書王杲因為屬下官吏將成色較低的白銀解入太倉庫調換盜取官銀而被發邊充戍，後來死於戍所。
朝廷的這種處理方式本意是好的，希望能夠讓部堂大員們重視起來，從上而下的給官吏們施加壓力，加強對於太倉的監管，但是現在看來，這種方式顯然不能夠抑製這些小吏們的貪欲，反而使得戶部堂官們成為他們的背鍋俠。
而勘察了現場之後的朱翊釴等人也迴到了文華殿，朱翊釴向朱載坖奏明了海瑞和陸繹的衝突，請求朱載坖聖裁，朱載坖略一思考之後然後說道：“將一幹人犯下詔獄嚴審，不拘用刑，但是不要弄死了。”
朱翊釴趕緊答應下來，同時朱載坖要親自交代了此案的偵查方向，朱載坖要求陸繹，將此案的開始時間，涉及的人員，還有他們盜竊庫銀的數量，每個涉案的官吏盜竊了多少庫銀，怎麼分贓的，都要一一弄清楚，搞明白。
朱載坖很清楚，二十八萬兩官銀，絕對不是一朝一夕能夠盜竊的，此案恐怕不是一年兩年的事情。
朱載坖隨後還派太監詢問新任刑部尚書洪朝選，刑部的劊子手中還有沒有會剝皮的，這項手藝現在看來要重新利用起來了。
而戶部的事情當然是很快就被科道言官們知道了，言官們紛紛上疏，彈劾戶部尚書劉體乾，要求劉體乾為此案負責，還有分管太倉的戶部侍郎，巡倉禦史、戶科給事中們，都受到了彈劾，朱載坖將這些彈章先按了下來，同時曉諭內閣，對於相關官員的處分，在查明事情真相之後，再作處斷。
而都察院、刑部、大理寺的官員則是上疏認為如此重大的案件，交由廠衛審訊，而不是三法司訊問，於理不合，要求將案犯移送三法司，被朱載坖駁迴申斥了。