對於俞大猷和戚繼光等人的上疏，朱載坖還是很重視的，他們都是國朝宿將，實戰經驗豐富，對於大明的軍器生產有自己的看法很建議，這些建議都是很重要的，朱載坖當即命令內官監和軍器監參照俞大猷和戚繼光的建議，重新製定大明官軍的甲胄樣式、標準。
同時朱載坖還要求練兵軍務處製定士卒武藝的考核標準和訓練要求，將大明官軍的各個兵種士卒的武藝劃定標準，予以考核，對於士卒來說，要每年一考，考核分為及格、良好和優秀三等，及格的不予懲罰也不予嘉獎，良好的，增加每月軍餉十分之一，優秀的增加十分之三，連續兩年優秀的，推薦報考國子武學。
考慮到士卒中還有大部分目不識丁的，朱載坖還特地增加了一條，對於不通文墨的士卒，隻要能夠四次考核優秀，年三十以下，即可選送國子武學就讀，朱載坖還特地命令俞大猷在國子武學中設立預科，從翰林院、國子監抽調老師，到國子武學中為這些不通文墨的士卒開蒙。
同時在軍中推廣識字，能夠讀寫五百個字的士卒，增加軍餉一錢，能讀寫一千個字的士卒，增加軍餉三錢，提高士卒們的識字率，同時將識字率也納入各級軍官們的考成中，麾下士卒識字達到七成的軍官，加俸一級，可以優先提拔，麾下士卒軍事訓練優秀率達到一半的，加俸一級，優先提拔，麾下士卒軍事訓練優秀率達到九成以上的，禦前試驗，合格者立即提拔。
朱載坖要求練兵軍務處，製定詳細的訓練大綱並且繪圖，使得哪怕是不識字的士卒們都知道應該怎麼訓練，同時要製定嚴格的考核標準。
除了基層士卒們的訓練和考核，朱載坖更加關心的是國子武學的教育，現在國子武學除了軍事訓練之外，所用的教材除了武經七書之外就是俞大猷、戚繼光等人的練兵筆跡，更多的是一種口傳心授的模式，朱載坖認為，武經七書這種東西固然不錯，但是失之於空泛，畢竟日後大部分選送國子武學的生員主要是基層的士卒，他們並沒有太多的文墨，這種佶屈聱牙的東西並不適合他們，朱載坖希望的就是讓他們學會忠君愛國，怎麼組織訓練，怎麼掌握部隊，怎麼帶兵打仗，這才是國子武學應該教授的東西。
朱載坖要求練兵軍務處重新編訂國子武學的教材，朱載坖特意要求編撰軍語詞典，要求將軍語貫徹到大明官軍各級的指揮作戰中，所謂軍語，就是表達軍事概念的語詞，是規範化的軍事用語。任何一支軍隊，在作戰、訓練及其他工作中都必須使用統一的軍語。軍語的特點是準確、簡明、規範和統一。
對於朱載坖來說，要組建一支正規化的大明官軍，最重要的不是司政後裝或者是什麼總參謀部這些機關單位，而是軍語的製定和使用，朱載坖很清楚，沒有統一軍語，軍隊就沒有準確發號施令、順暢通信聯絡的工具，就難以達成軍隊的令行禁止和軍事任務的圓滿完成。所以朱載坖對於軍語的編定是十分重視的，不僅親自參與編寫，還提出自己的意見，發明了不少的軍語。
按照朱載坖的規定，將軍語分為訓練、作戰、軍器、築城、步兵、騎兵、炮兵、工兵、輜重兵、通信、後方勤務、天候等不同的章節，每個詞都要明確含義，一旦編定之後，整個大明官軍的指揮體係，命令的傳達和執行都必須使用軍語，軍語沒有任何的歧義，收到命令的部隊按照命令堅決執行就行了。
沒有完整可靠的軍語，即便是建立了參謀機關，一樣不會起到任何作用，所以朱載坖首先要抓的就是軍語的製定。
朱載坖準備以宣大山西三鎮的官軍和都指揮使司為試點，推行朱載坖的新軍製，按照朱載坖和練兵軍務處的規劃，宣大三鎮一共編設二十協，其中步騎炮協十五個，騎兵協五個，三鎮官軍每鎮下轄四個步騎炮協和一個騎兵協，除三個步騎炮協有固定的防區，承擔支援當麵的邊堡之外，每鎮轄有一個步騎炮協和騎兵協的機動兵力。
同時，在提督宣大山西軍務手上，還掌握了三個步騎炮協和兩個騎兵協的機動兵力，作為官軍方麵部署的機動部隊和本防區的預備隊，而京營和親軍諸衛則承擔戰略預備隊的職責。
馬芳和黑春以及哱拜等人在山西負責挑選軍士，裁汰老弱，盡管這次要求裁減十萬的軍額，但是其實宣大山西三鎮的空餉本來就不少，再加上馬芳和黑春選拔條件嚴格，大量的士卒被裁汰進入地方都司和巡檢司當中，三鎮官軍軍額還反而不足。
經潞國公馬芳和提督宣大山西軍務黑春的奏請，朱載坖批準在山西、陝西、直隸招募兵員，補充三鎮官軍的軍額，優先從衛所子弟中選取，取中給安家銀五元，務必將三鎮二十協官軍整編完成。
除了人員之外，更加重要的就是軍器甲胄了，甲胄朝廷還有儲存，但是燧發火銃顯然是不足的，為了彌補遠程打擊火器的不足，朱載坖命令將庫存的弓弩先發給三鎮官軍使用，同時現在三鎮官軍最缺乏的還是質量優良的長槍。
由於之前朝廷不重視武備，所造長槍多不合用，經戚繼光的奏請，製定了長槍的工藝標準和規格，但是大量的合格槍桿的製造還是需要時間的，尤其是長槍本來就是官軍裝備數量最大的軍器，十餘萬的官軍，要裝備三萬支長槍，對於軍器監來說，壓力還是不小的。
好在現在軍器局有一些存貨，朱載坖先向宣大調撥長槍一萬支，剩餘的隨造隨發，士卒先用木棍訓練，同時還有騎兵所需的甲胄、騎槍、腰刀等物，都要一一製備。