而朱載坖則是督促太子和申時行，加快進度，趁朝廷的注意力在藩王們身上，加快對於北直隸的水利興修，在廠衛的彈壓之下，迅速將興修水利所需要的土地征收到位，以縣為單位，開始興修水利工程，所需要是各種物資，由工部、京通倉予以調撥。
同時朱載坖還命令五軍都督府，動員北直隸的軍戶參與水利工程的興修，照出征支給行糧。敢有阻撓朝廷興修水利的，一律由廠衛嚴辦。
而對於李家的案子，經過衛尉寺審斷之後，認為李家確係金吾右衛軍籍，但是從成化以來就沒有應役，其中因為李東陽出仕之後可以免於兵役的主要在成化、弘治、正德三朝，而在李東陽和其子死後，李家並沒有官府，按照軍法，李家應當出丁一人到金吾右衛應役，但是李家並沒有並沒出丁到金吾右衛應役，依照大明軍法，這就是逃軍，應當追究責任。
而且李家逃軍，年深日久，實屬情節嚴重，所以衛尉寺卿孫丕揚上奏，應當以逃軍之罪追究李家的責任，應當流放，而刑部、大理寺、都察院會審之後，同意了衛尉寺的意見，但是卻被朱載坖打迴來了，理由很簡單，雖然李家的逃軍之罪已經審理清楚了，但是李家還有還有其他的事情啊。
朱載坖命令錦衣親軍將李家涉嫌的其他事情也都移送三法司，指令刑部尚書洪朝選依律嚴審，要好生打著問。李家是順天府大族，這麼多年以來，不管是家族內部的醃臢事情還是他們李家欺男霸女的事情，都是不少的，錦衣親軍早就掌握了相關的事情，同時朱載坖還命令順天府將曆年以來百姓狀告李家的狀子一道移送刑部。
之前順天府畏懼李家，當然是委屈百姓了，現在這些事情都被朱載坖翻出來了，要嚴懲李家，同時，因為李東陽畢竟是前朝首輔，朱載坖在邸報中特意向天下公布李家的罪狀，以昭示朝廷大公無私的態度。
對於李家的嚴懲使得北直隸的士紳們有所收斂，同時朱載坖還命令都察院向北直隸派出禦史，受理地方百姓狀告這些士紳們的案件，借此嚴懲士紳們。
而後朱載坖召見了魏國公徐邦瑞，朱載坖將魏國公從南京調到京師來，但是一直沒有給他安排實際的職務，這次朱載坖準備給徐邦瑞安排個差事，朱載坖在召見完徐邦瑞後，發布詔書，任命魏國公徐邦瑞為中軍都督府右都督、北直隸總兵官兼直隸都指揮使，指揮北直隸下屬的各個衛所，配合太子在北直隸興修水利。
而在家守製的張居正的奏疏也抵達了朱載坖的案頭，對於朱載坖準備對於藩王的土地予以整治，張居正是全力支持的，他的老家湖廣也是藩王比較多的地方，而且湖廣的楚王還是比較不當人的藩王，爛事一大堆，在地方除了人事不幹之外，其他的事情都要幹。
所以張居正認為，對於這些藩王，必須加以限製，尤其是藩王無節製的兼並土地，確實是應當予以限製，但是畢竟藩王們也是宗室，朱載坖作為皇帝，太過於苛待宗室畢竟對於名聲不好，而且藩王的土地中，有不少是曆代先帝欽賜的，這些土地不能全部予以沒收，尤其是太祖禦賜的土地，如果朱載坖也予以沒收的話，對於朱載坖的名聲還是有很大的影響的。
所以張居正向朱載坖提出的建議是對於藩王的土地分門別類予以處理，首先就是藩王強占、購買、奏討的土地，根據皇明祖訓，太祖有明文規定，藩王不允許購置土地，就是為了防止藩王兼並土地，百姓生計無著，這部分的土地本來就不合法，既然不符合祖訓，這部分的土地就應當予以沒收，由朝廷予以分配給百姓和衛所的軍戶。
而對於太祖和曆代先帝賜予的土地，就不能這麼簡單予以處理了，畢竟是皇帝欽賜的，盡管其中有很多是不合法的，但是朱載坖作為後世皇帝，如果對於前代皇帝的決定直接予以推翻的話，總歸是不好的，而且藩王們也可以有部分土地，用於補貼王府之用。
所以張居正的處理意見是按照等級規定一個藩王們可以擁有的土地數量，多餘的部分由朝廷予以分配，而不足的部分，也由朝廷予以不足，而且藩王們也不能直接擁有土地，按照朝廷分封而不錫土,列爵而不臨民,食祿而不治事的藩王政策，這些藩王們所擁有的隻是土地的產出，而非土地本身，這些土地由地方官府予以掌握，成為實際上的官田，藩王們隻能享受這些土地的賦稅，也就是說，按照張居正的辦法，如果朝廷準許親王擁有土地三千頃的話，實際上就是地方官府將三千頃土地所對應的賦稅按時交給藩王們就行，藩王們不能實際控製土地和佃戶。
這樣一來，能夠最大程度的限製藩王們兼並土地的行為，同時舒緩民力，使得百姓能夠不至於淪為流民，同時重申祖製，不允許藩王以各種名義擁有土地，避免藩王們與民爭利。
朱載坖認為張居正的這個建議是很有操作的可能性的，於是將張居正的奏疏下閣部商量，對於張居正的奏疏，大部分人都認為還是合理，很多藩王們，尤其是小藩都予以支持，因為按照張居正的設想，親王三千頃，郡王一千頃，其實很多藩王是沒有三千頃的，如鄭王就隻有不到四百頃，真正受到很大損失的是周、楚、秦、晉等大藩，對於大部分藩王來說，反而能夠增加收入，所以一些藩王反而是支持的。
而且之前蜀王、遼王的遭遇也使得這些藩王們不敢輕易和朱載坖作對，朱載坖明確暗示這些藩王們，現在哈密也可以移鎮，要是誰跳的太高，朱載坖就將他移藩到哈密去，好好吃紅柳羊肉串。