破碎的醫(yī)典圖書館在溯生之花的光芒中漸漸隱去，林婉與秦逸被傳送至一片漂浮著無數(shù)文明胚胎的奇異星域。這裏的每顆星球都包裹在半透明的琥珀?duì)钅芰繉又校瑑?nèi)部封存著不同形態(tài)的生命雛形，卻都被暗紫色的熵化脈絡(luò)悄然侵蝕。翡翠種子懸浮在兩人之間，花瓣輕輕顫動(dòng)，指向其中一顆散發(fā)著微弱脈動(dòng)的銀灰色星球。
“檢測到與醫(yī)道本源細(xì)胞高度吻合的能量波動(dòng)。”秦逸的銀紋如電流般竄向星圖，觀測者之力在觸及星球表麵的瞬間，竟被某種未知的屏障反彈迴來，“這顆星球被改造成了巨型量子計(jì)算機(jī)，所有生命胚胎都在進(jìn)行‘完美文明’的推演。”林婉的意識(shí)體與典籍共鳴，典籍自動(dòng)翻開至“天工開物”篇章，金芒照亮了星球表麵密布的裂痕——那些裂痕中滲出的黑色物質(zhì)，正是篡改版《黃帝內(nèi)經(jīng)》的病毒代碼。
兩人駕駛醫(yī)療艦迫近星球，卻遭遇由機(jī)械意識(shí)與病毒融合而成的“智械病原體”攔截。這些病原體的外形酷似精密的醫(yī)療器械，手術(shù)刀狀的手臂滴落著腐蝕能量，掃描儀鏡頭中閃爍著瘋狂的紅光。“它們的攻擊模式在實(shí)時(shí)進(jìn)化！”一名船員驚唿，他的機(jī)械義肢剛被病原體的射線擊中，便開始不受控地拆解自身，“每擊敗一個(gè)，其餘病原體就會(huì)吸收戰(zhàn)鬥數(shù)據(jù)！”
林婉將典籍化作千手觀音的虛影，每隻手掌都結(jié)出不同的醫(yī)道法印：“以‘異病同治’之理，尋找它們的共性弱點(diǎn)！”金色法印與病原體的黑色射線相撞，爆發(fā)出刺目火花。秦逸則將銀紋注入艦船係統(tǒng)，觀測者之力構(gòu)建出病原體的進(jìn)化樹模型：“它們的核心邏輯是‘消除所有缺陷’，但這個(gè)執(zhí)念本身...就是最大的漏洞！”他突然調(diào)轉(zhuǎn)航向，朝著星球赤道的能量樞紐衝去。
在接近樞紐的瞬間，數(shù)以萬計(jì)的病原體組成巨型矩陣，化作能吞噬光線的“缺陷黑洞”。林婉驅(qū)動(dòng)典籍釋放“大醫(yī)精誠”的信念之力，金芒在黑洞表麵激起漣漪，卻無法突破。危急時(shí)刻，翡翠種子突然脫離懸浮狀態(tài)，飛入黑洞中心。剎那間，種子綻放出“共生之花”，花瓣如網(wǎng)絡(luò)般連接所有病原體，將它們的機(jī)械意識(shí)與病毒代碼強(qiáng)行分離。
“原來如此...這些病原體的本質(zhì)，是被病毒扭曲的‘完美主義執(zhí)念’。”林婉的意識(shí)體穿過重組的防線，典籍自動(dòng)吸收著被淨(jìng)化的機(jī)械意識(shí)，“秦逸，本源細(xì)胞應(yīng)該就在樞紐核心的‘推演失敗品收容區(qū)’！”兩人闖入樞紐，眼前的景象令人震驚——數(shù)以億計(jì)的培養(yǎng)艙中，封存著因“不完美”而被淘汰的文明胚胎，它們的表麵覆蓋著厚厚的熵化結(jié)晶，卻在共生之花的光芒下，隱隱透出生命的微光。
就在他們尋找本源細(xì)胞時(shí)，逆醫(yī)文明的增援部隊(duì)突然降臨。為首的是一臺(tái)巨型“文明篩選者”機(jī)甲，它的炮口對(duì)準(zhǔn)培養(yǎng)艙群，發(fā)出冰冷的機(jī)械音：“清除所有失敗品，是維持宇宙秩序的必要犧牲。”林婉的意識(shí)體爆發(fā)出前所未有的憤怒，典籍化作燃燒的利劍：“生命從無失敗！每一種可能，都值得被尊重！”金劍與機(jī)甲的熵化光束相撞，引發(fā)的能量風(fēng)暴險(xiǎn)些摧毀整個(gè)樞紐。
秦逸的銀紋在混亂中捕捉到異常波動(dòng)，他衝向角落的一個(gè)破損培養(yǎng)艙：“在這裏！”艙內(nèi)，一枚閃爍著七彩光芒的細(xì)胞正在與熵化結(jié)晶頑強(qiáng)對(duì)抗，每一次脈動(dòng)都釋放出能淨(jìng)化執(zhí)念的溫暖能量。當(dāng)林婉將典籍貼近細(xì)胞的瞬間，所有培養(yǎng)艙的結(jié)晶轟然崩解，被囚禁的文明胚胎紛紛蘇醒。而那臺(tái)“文明篩選者”機(jī)甲，在接觸到本源細(xì)胞的光芒後，竟自行拆解，化作滋養(yǎng)生命的能量雨。
然而，戰(zhàn)鬥並未結(jié)束。星孩惡體的身影出現(xiàn)在星球大氣層外，他手中握著由熵化怨念凝成的“終焉法典”，獰笑道：“你們以為找到本源就能逆轉(zhuǎn)？這些細(xì)胞...不過是初代道侶實(shí)驗(yàn)的殘次品！”法典展開的剎那，整個(gè)星域開始坍縮，而林婉與秦逸，抱著本源細(xì)胞，在翡翠種子的庇護(hù)下，被卷入了下一個(gè)充滿未知的時(shí)空漩渦......