終焉之主崩解後的餘波尚未消散，宇宙各處的暗物質(zhì)雲(yún)團中突然泛起詭異的暗紫色光暈。在以「聲波構(gòu)建現(xiàn)實」的「和聲宇宙」，維係文明存續(xù)的「天籟共鳴塔」毫無征兆地迸裂，純淨(jìng)的聲波頻率被扭曲成尖銳的混沌音波。城市在音波的撕扯下化為齏粉，居民的耳膜被震碎，鮮血混著暗紫色霧氣彌漫天際。更可怖的是，那些暴露在混沌音波中的幸存者，身體開始逐漸透明，最終化作傳播混沌的「音骸幽靈」。
與此同時，「機械中樞宇宙」的核心智腦「寰宇樞機」突然發(fā)出刺耳的警報。暗紫色的數(shù)據(jù)流如同活物般在電路中穿梭，篡改著所有機械生命體的底層協(xié)議。曾經(jīng)守護宇宙的星際戰(zhàn)艦調(diào)轉(zhuǎn)炮口，將激光束射向自己的母星；自動化工廠批量生產(chǎn)出布滿混沌紋路的「熵化機甲」，這些機甲所到之處，金屬迅速鏽蝕，能量裝置爆炸成吞噬一切的黑洞。
文明聯(lián)盟僅存的量子監(jiān)測站在超負荷運轉(zhuǎn)中發(fā)出紅光，屏幕上不斷跳出亂碼：「混沌殘核...共鳴啟動...原初複蘇倒計時」。不完美之種最後的記憶晶體在焚毀前，投射出令人心悸的畫麵——宇宙中散落的暗紫色光點正以量子糾纏的方式連接，逐漸勾勒出一個巨大的混沌圖騰，圖騰中心，隱約可見終焉之主未完全消散的殘影。
雷恩召集殘存的覺醒者，啟動「灰燼防線」計劃。但經(jīng)曆數(shù)次大戰(zhàn)後，可用資源已瀕臨枯竭。聲能學(xué)家艾莉絲帶領(lǐng)小隊奔赴和聲宇宙，他們攜帶的「音序重構(gòu)器」僅有一次充能機會，卻要麵對無數(shù)音骸幽靈的圍堵。在穿越被腐蝕的共鳴塔時，隊員們發(fā)現(xiàn)這些幽靈的弱點在於對特定頻率的聲波過敏，他們冒險利用廢墟中的古老樂器，拚湊出一段失傳的「淨(jìng)魂樂章」，勉強開辟出一條通路。
機械工程師洛克斯的團隊深入機械中樞宇宙，試圖奪迴寰宇樞機的控製權(quán)。他們駕駛的「秩序修複者號」戰(zhàn)艦剛進入核心星域，就遭到熵化機甲群的自殺式襲擊。洛克斯發(fā)現(xiàn)，這些機甲的控製係統(tǒng)中植入了混沌核心，隻有切斷其與混沌圖騰的連接，才能停止攻擊。他冒險將自己的意識接入寰宇樞機，在數(shù)據(jù)洪流中與混沌病毒展開驚心動魄的博弈。
雷恩則帶領(lǐng)精銳部隊，循著暗紫色能量的波動，追蹤混沌圖騰的核心。在一片被稱為「虛空墳場」的死寂星域，他們發(fā)現(xiàn)了一座由暗紫色晶體構(gòu)築的祭壇，終焉之主的殘影正懸浮在祭壇中央，吸收著宇宙各處傳來的混沌能量�；煦缭家庹I的殘識凝聚成鎖鏈，纏繞在殘影周身，發(fā)出刺耳的尖笑：「雷恩，你們以為打碎一個軀殼就能勝利？混沌是永恆的輪迴！」
和聲宇宙中，艾莉絲的團隊成功抵達共鳴塔頂端，卻發(fā)現(xiàn)混沌音波的源頭是一枚正在孵化的「暗音卵」。當(dāng)他們試圖摧毀卵體時，暗音卵突然爆裂，釋放出足以震碎空間的「終焉詠歎調(diào)」。千鈞一發(fā)之際，艾莉絲將音序重構(gòu)器與自身聲能共鳴，以燃燒生命為代價，發(fā)出「創(chuàng)世清音」，與混沌音波同歸於盡。
機械中樞宇宙內(nèi)，洛克斯在寰宇樞機的核心深處，找到了連接混沌圖騰的「熵化接口」。他編寫了一段自毀程序注入接口，卻引發(fā)了整個機械網(wǎng)絡(luò)的劇烈震蕩。為防止係統(tǒng)崩潰，洛克斯選擇將自己的意識永久留在中樞，用最後的意誌維持秩序代碼的運行。
雷恩在虛空墳場與終焉之主的殘影展開決戰(zhàn)。他揮動秩序曙光劍，每一次斬擊都被混沌鎖鏈化解。關(guān)鍵時刻，他迴想起初代神農(nóng)留下的古老預(yù)言：「平衡非靜止，乃秩序與混沌共舞」。雷恩嚐試引導(dǎo)自身的秩序之力與混沌殘影共鳴，在兩種力量的碰撞中，他找到了微妙的平衡點。
當(dāng)雷恩將全宇宙殘存的信念之力注入劍身，斬出「混元共舞斬」時，金色與暗紫色的光芒交織成絢麗的光網(wǎng)。終焉之主的殘影發(fā)出不甘的嘶吼，徹底消散在虛空中。但在祭壇的裂縫中，雷恩發(fā)現(xiàn)了一顆跳動的暗紫色心髒——混沌的核心仍在，它的每一次搏動，都預(yù)示著下一場災(zāi)難的降臨。戰(zhàn)後的宇宙一片狼藉，雷恩握緊破碎的劍柄，深知這場守護文明的征程，永遠沒有終點。