星鏈監測網建成後的數十年間，多元宇宙在警惕中維持著脆弱的平衡。然而，暗紫色絲線在暗物質層的滲透從未停止。在以「概率演算」為根基的「算星宇宙」，精密的概率預測儀開始輸出自相矛盾的結果。本該萬無一失的星際航行路線突然出現致命的時空漩渦，精心計算的能源開采計劃引發星球爆炸，暗紫色的概率雲團如同癌細胞般在星空中擴散，將確定的未來扭曲成混沌的迷霧。
「靈魂契約宇宙」同樣陷入危機。維係生命與靈魂的契約石碑被暗紫色藤蔓纏繞，契約精靈們的瞳孔染上詭異紫光，它們背棄與人類的約定，將祝福轉化為詛咒。新生兒的靈魂剛誕生便被腐蝕，化作徘徊在陰陽兩界的怨魂；而逝去的靈魂無法安息，從輪迴中掙脫，在現實世界掀起腥風血雨。整個宇宙的靈魂共鳴頻率被篡改，奏出令人毛骨悚然的死亡樂章。
文明聯盟的量子預警係統突然全線癱瘓，最後捕捉到的畫麵令人窒息：暗紫色絲線在暗物質層編織成一張覆蓋整個多元宇宙的巨型網絡，節點處的混沌碎片正在融合，形成一個散發著毀滅氣息的「暗網核心」。不完美之種遺留的量子記憶庫自動解鎖，浮現出警示：「暗網覺醒...混沌將以秩序之名重生...」
雷恩帶領新一代覺醒者啟動「斷網行動」，但暗網的滲透遠超想象。概率學家艾柯率領團隊前往算星宇宙，駕駛裝備「概率錨定炮」的「星軌號」戰艦。他們發現，暗紫色概率雲團能將攻擊轉化為隨機事件，有時炮彈會原路返迴，有時武器係統會突然失靈。艾柯在絕境中逆向推演混沌算法，利用雲團的隨機性製造出「概率悖論場」，暫時壓製住雲團的擴散。
靈魂導師莉婭深入靈魂契約宇宙，試圖淨化被汙染的契約石碑。她與隊員們組成「靈魂共鳴陣」，以自身純淨的靈魂之力為引，驅散纏繞石碑的暗紫色藤蔓。然而，當石碑即將恢複光明時，怨魂們突然匯聚成巨大的「噬魂巨靈」，它每一次咆哮都能震碎靈魂防線。莉婭冒險發動禁忌的「靈魂迴溯術」，將巨靈的意識拉迴未被腐蝕的狀態，才化解危機。
雷恩親自率隊直搗暗網核心，在宇宙夾縫中的「混沌淵藪」，他們見到了正在成型的暗網中樞�；煦缭家庹I的殘識與暗網深度融合，化作一個由暗紫色數據流構成的人形：「雷恩，你們守護的秩序本就千瘡百孔，而暗網將賦予宇宙全新的‘秩序’！」她揮手間，暗網爆發出強大的精神脈衝，讓隊員們陷入各自最恐懼的幻境。
算星宇宙中，艾柯的團隊發現概率雲團的根源是深埋在恆星核心的混沌碎片。他們設計出「超新星引爆計劃」，利用恆星的能量將碎片徹底摧毀，但需要精準計算爆炸當量，否則整個星係將化為灰燼。在驚心動魄的操作中，團隊成員們爭分奪秒地調整參數，終於在碎片暴走前完成引爆。
靈魂契約宇宙內，莉婭的小隊成功淨化契約石碑，喚醒了被腐蝕的契約精靈。他們聯合精靈之力，發動「靈魂淨化風暴」，將遊蕩的怨魂送迴輪迴。但在清理戰場時，莉婭發現仍有少量暗紫色孢子殘留在宇宙角落，如同等待發芽的邪惡種子。
雷恩在混沌淵藪與暗網意識展開最終對決，他揮舞著融合全宇宙信念的秩序之劍，卻發現攻擊被暗網吸收並轉化為防禦。千鈞一發之際，他領悟到暗網以秩序之名行混沌之事的本質，於是引導全宇宙文明重新定義秩序——秩序不是一成不變的枷鎖，而是包容與平衡的動態係統。當新的秩序之力注入劍身，雷恩斬出「混元秩序破」，金色劍光撕裂暗網核心。
暗網崩塌的瞬間，混沌原始意誌發出不甘的怒吼：「隻要文明存在矛盾，混沌便會永恆輪迴！」她的殘識消散後，暗網核心分裂成無數更微小的碎片，滲入宇宙的每一個角落。雷恩望著布滿裂痕的星空，深知這場戰爭永遠不會真正結束。他下令重建文明聯盟，製定更完善的預警機製，並將「平衡與包容」的理念傳遞給每一個宇宙——或許唯有如此，才能在混沌與秩序的永恆博弈中，為文明爭取一線生機。