提督薊遼大寧等處軍務事戚繼光也上疏，近來小股虜騎對大寧、薊鎮的襲擾，圖們汗察哈爾萬戶的所屬部落已渡過潢水南下駐牧，對大明的薊鎮和大寧都司構成威脅了。戚繼光也請求整頓兵馬，出塞殲滅蒙古人，將蒙古人驅趕到塞北去。
現在土蠻的的情況是個部落比之土默特部更加鬆散，各個部落多者七八千騎，少者兩三千騎，根據戚繼光的奏報，整個土蠻部人口以十萬計，其中的大酋長有六七人，現在土蠻和兀良哈之間的勾結是越來越深了，其中實力最雄厚的是阿喇克楚特部控弦之士有兩萬左右。
戚繼光認為，現在正是進剿的時候，一旦圖們汗控製了整個土蠻部，那就會對大明的薊鎮、大寧、遼東同時構成威脅，所以譚綸和戚繼光都上疏請求朱載坖準允集中兵力，出塞征討土蠻。
朱載坖將譚綸、戚繼光的奏疏下內閣商議，同時命令兵部尚書汪道昆陳述兵部的看法，汪道昆久在薊遼，對於相關的情況肯定是比較了解的，汪道昆支持對土蠻用兵。
但是內閣對於此事的看法卻並不一致，主要是率兵出塞，在大明已經是很稀少的事情，這次要官軍大舉出塞反擊土蠻和兀良哈部，風險之大，內閣認為大舉對土蠻用兵，此事還要從長計議。
朱載坖沒有就此事再與內閣商量，而是召集馬芳、李成梁等武將一起商量，主要是用兵的問題，馬芳和李成梁認為，以官軍現在的實力，出塞二三百裏，問題是不大的，蒙古人現在已經不具備大規模的包抄能力了。關鍵的問題是怎麼抓住蒙古人，將之殲滅。
這確實是個問題，因為土蠻本就鬆散，又不像土默特部一樣居住的比較密集，薊遼邊牆綿延以千裏計，官軍出塞，要打誰，怎麼找到蒙古人，才是最大的問題，所以馬芳、李成梁都建議，首先要派遣尖哨深入草原，一方麵是查探蒙古人的活動規律，另一方麵是對於草原的地形地貌加以偵察，最好是能夠繪製草原的地圖。
同時通過和朵顏三衛的殘餘勢力進行互市，了解土蠻部的情況，然後再決定應該怎麼打，馬芳也認為，大軍出塞還是要做好萬全準備，尤其是糧道的保護，這些都需要細致的準備和演練，是急不得的。
對於兩位宿將的話，朱載坖還是很重視的，戚繼光在奏疏中也認為，最好的情況是提前獲知北虜入寇，官軍出塞迎擊，其次是北虜寇邊，官軍利用邊牆反擊，然後再調集兵力予以反擊，最差的就是官軍在沒有確切情報支持的情況下，盲目出塞。
朱載坖也認為確實是如此，所以朱載坖在和馬芳等人商量之後，決定下旨給譚綸和戚繼光，第一是囤積糧秣，做好出塞的後勤準備，其二就是廣布偵騎，對草原的情況要加以了解，其三就是對於心向大明的部落要予以拉攏，從他們口中得知土蠻和兀良哈的動向，為朝廷決策提供情報。
馬芳和李成梁走後，朱載坖開始認真思考設立一個專司軍務的衙門的必要性，現在大明的軍事決策和一般政務一樣的流程，保密性不高，這是朱載坖最擔心的一點，三軍之事，莫重於密，把軍機要務和與一般的政務混雜在一起處理，朱載坖認為是不合適的。
而且由於大明的政體，導致不管是阿貓阿狗都可以直接上疏幹預朝廷的軍事決策，這些上疏的人，往往都是些紙上談兵之輩，真正在邊關浴血奮戰的將帥，反而被剝奪了在軍事決策上的發言權，朱載坖認為這是沒有道理的，行軍用兵這樣的大事，不征求邊關大將的意見，反而去聽這些不識兵戈的文臣之言，不誤國那才是怪事呢！
大明最後不就是這樣嗎？忽悠皇帝如騙狗一樣，上來就是計五年，全遼可複也！反正是一個敢說，一個敢信，不亡國那才是咄咄怪事！
所以朱載坖決心以這次對土蠻的出塞打擊作為改變的起點，朱載坖一向是坐起立行的人，當即召見內閣輔臣，告訴他們自己的想法。
朱載坖認為，現在要對土蠻用兵，這是大明數十年未有之事，官軍主動出塞迎敵，隻可勝，不可敗，朝廷上下務必要重視此事，尤其是保密問題，此事一定要作為朝廷的絕密，不能泄露給不相幹的官員們知道，所以朱載坖想要專門設立一個機構，來處理薊遼大寧的事情。
同時將涉及此事的重臣們都召集到這個機構中去，和內閣一樣，直接對朱載坖負責，專門辦理有關對土蠻作戰的事情，不僅如此，將親軍諸衛、京營的整訓還有薊鎮新軍的編練、國子武學等諸事都納入這個機構的管理。
其實朱載坖一說，內閣輔臣們都明白朱載坖的意思，就是要將行軍用兵單獨拿出來，從內閣庶務中分離，由朱載坖直接過問，加強皇帝對於軍隊和軍務的控製，這也並不是什麼稀奇的事情，但是這樣一來，內閣就喪失了對於軍務的管理權，同時兵部的作用也降低了。
這是會遭到反噬的，高拱等人都勸朱載坖慎重，因為涉及到官署的設置，而且是侵奪其他衙門的權力，恐怕沒有那麼順利的，尤其是兵部經過百餘年，好不容易才把五軍都督府架空，獨攬軍政，現在要兵部把到嘴的肉給吐出來，絕非易事。
輔臣們都勸朱載坖慎重，但是朱載坖決心已定，他早就對大明的這套指揮體係不滿意了，這次借著對土蠻用兵，朱載坖要將軍政大權上收。
當然，朱載坖也不傻，朱載坖的第一步是將原本給戚繼光的練兵總理大臣撤銷，下令設立練兵軍務處，新設立的練兵軍務處權限可比之前的練兵總理大臣要大多了，不僅包括薊鎮新軍的編練，京營、親軍諸衛、水師、國子武學等隆慶以來設立的新軍，都歸其管理。