朱載坖不由得在內閣的題本上禦批道：“昔日皆言太祖酷烈，朕今日方知，彼輩之貪婪，豈剝皮實草足以泄朕之憤乎？罪加三族，實不可�。 �
李春芳等人趕緊求見朱載坖，輔臣們擔心此案真的擴大化，又形成如同郭桓案一樣株連遍天下，整個官場惴惴不安的大案，這是他們最擔心的事情，所以李春芳等人趕緊來給安撫一下朱載坖。
李春芳等人認為，嚴懲這些涉案的官吏，當然是應該的，不管是剝皮實草還是株連三族，都是應該的。但是這些案子所涉及的官吏，僅僅是大明官吏中的一小部分，朱載坖不能因噎廢食，而且從朱載坖推行新政以來，官場風氣還是得到了很大的改善，貪墨的現象也比之前少多了。
而且輔臣們認為，這些貪墨行為，並非是一朝一夕來的，有不少都是長久以來的陳規陋習，他們盜竊庫銀、盜賣物資，並不是從隆慶朝才開始的，現在查出來的，不少都可以直接追溯到嘉靖朝，所以朱載坖不必為此而大動幹戈。
輔臣們也分析了為什麼會出現這樣的事情，小吏和下級官員的長期甚至是世襲任職是發生這種事情的主要原因，在發生貪墨案件的各個倉庫中，很多倉庫的小吏都是世襲任職的，這些管庫的庫大使等下級官員，要麼是從小吏升任的，要麼是長久的在此處任職，發生貪墨，不足為奇。
輔臣們認為，隻要搞清楚緣由，針對性的施加措施，遏製貪腐，並非不可能的事情，但是輔臣們擔心的是朱載坖就此大開殺戒，並且不再信任官員們，這是輔臣所擔心的問題。
朱載坖說道：“諸位所言，朕都知道，此案不僅要窮究到底，還懲前毖後，完善大明對於各個倉庫的管理、監督，防止再出現此等碩鼠�！�
同時陸繹也向朱載坖奏報，現在詔獄關押的人犯太多，是否要先處理掉一部分，來保證接下來的案子審訊，朱載坖同意了陸繹的看法，現在太倉涉案的這庫丁什麼，基本上已經交代完畢，該追贓的也追贓了，朱載坖出中旨，將這些涉案的庫丁，全部市曹刑戮，剝皮實草，懸掛於太倉銀庫，以警醒後人。
同時將三族全部流放緬甸，抄沒家產，以儆效尤。
除此之外，朱載坖要求廠衛根據取得的口供，對這些盜賣朝廷物資的商賈予以緝拿，不僅要拿人，還要抄沒家產，同時拷問相關的情況，尤其是他們怎麼和這些官吏勾結在一起的，有哪些官員參與到其中了，最高涉及到什麼級別的官員，朱載坖給陸繹授權，四品以下，錦衣親軍不必向朱載坖請旨，直接向太子報備之後，就可以拿捕，四品以上官員，向朱翊釴說明情況之後，由朱翊釴向朱載坖請旨拿捕。
陸繹得旨之後，就立刻和刑部尚書洪朝選溝通，從刑部調集劊子手，準備行刑，同時拿捕這些奸商，朱載坖也下旨給領侍衛內大臣嚴紹庭，要求他從親軍諸衛中抽調兩衛一萬一千人，加強京師的警衛，配合五城兵馬司彈壓京師，同時將騰驤左衛、武驤左衛調入大內，加強宮禁。
朱載坖一邊忙著處理這些犯罪的官吏，一麵要召見吏部，選拔新的官吏，接管這些倉庫，同時朱載坖也在思考，要變革大明的倉庫管理製度了。
大明的庫藏管理實在是太過於零散的，這種零散的管理實在是疏漏太多，給這些碩鼠有機可乘。
朱載坖於是召集內閣輔臣，戶部尚書鄢懋卿、戶部尚書總督鹽政鈔關王國光、吏部尚書張瀚等人商量怎麼樣杜絕倉儲貪腐。
次輔張居正提出了自己的看法，他認為倉儲弊案頻發，最主要的原因還是大明的財政過於零散，大量的實物稅充斥其中，朝廷不但要征收銀錢、糧食、布匹、絲綢，還有其他各種雜七雜八的實物，這些實物有時候對於朝廷並非是什麼有用或者常用之物，一時無用，就儲備於倉庫中，往往長期不用，這就給了這些官吏們上下其手的空間。
所以張居正認為，應當省並稅則，增加折色，減少本色，壓縮這些官吏們上下其手的空間，朱載坖認為張居正說的是有道理，之前朱載坖沒有大規模實行折色，主要是擔心對於普通百姓的傷害過大，但是現在針對的是這些雜色稅收，影響的人相對較少，確實是應該予以省並。
朱載坖認為，本色之中，糧食、布匹、絲綢不用折色，因為這些都是朝廷必需的物資，同時布匹、絲綢在現在也都可以充當貨幣，還可以與西洋進行交易，其他的雜色實物賦稅，能夠省並的，就予以省並折色，數量太少可以直接取消，減少百姓的負擔，除了有軍國之用，必須本色征收的物資之外，其他的能折色的盡量予以折色，不給這些貪官汙吏以機會。
另外一個問題就是要加強對於這些倉庫的監管，大明不是沒有管理倉儲的機構，但是總督倉場駐節通州，主要是管理京通倉的事務，對於戶部的其他倉庫，除了太倉銀庫直接在戶部的管理之外，其餘的倉庫雖然名義上歸屬戶部管理，但是戶部能有多少時間來管理這些倉庫，那就隻有天知道了。
這種過於粗放的管理也是使得倉儲弊案頻發的原因，朱載坖認為，應該專門設立一個機構，將大明的倉儲統一管理起來，除了銀錢直接進入太倉銀庫，糧食進入京通倉之外，其餘的所有物資，也都應當予以嚴密的監管，防止再出現這類事情。
不僅是京師的倉庫，還有地方府州縣的倉庫、九邊的軍儲，都要加以監管，防止出現貪墨。對於朱載坖的這個看法，重臣們也認為確實是到了加強朝廷對於倉儲管理的時候了，這兩年朝廷的收入大幅度增加，但是仍舊是非常緊張，但是這些碩鼠，動輒貪墨國帑數十萬兩，豈不可恨？