朱載坖就是要通過一係列的大案，對於衛所、商幫等影響大明穩定的團體予以打散，降低甚至消除他們可能對朝廷造成的風險。
除了打擊這些走私的不法商人之外，對於朱載坖來說，還有就是增設和蒙古開市的關口，設置相關的管理機構，盡可能的減少走私的路勁，同時將原本由衛所管理的部分地方設立州縣，由州縣管理，減少實土衛所的數量，除了沿邊一縣和軍事重鎮之外，盡可能的設立州縣管理，而不是由衛所代管。
將衛所的主要職責變成管理軍戶、向官軍輸送合格兵員、沿邊州堡的防禦等等，朱載坖同時還下達命令，衛所負責守衛各沿邊堡壘，同時按照邊堡的大小和重要情況，編設相應的兵員，同時將現有沿邊堡壘的兵員也劃歸當地的衛所管理，衛所主要承擔守土的職能。
而朝廷的邊鎮主要承擔支援和征討的任務，這樣一來權責明晰，守土不利則追究都司衛所的責任，支援、征討不利則是各鎮遊擊、參將和總兵們的責任，將都司衛所和營兵予以區分開，同時衛所中負責守衛邊堡的士卒一樣也納入脫產士卒的管理方式，同時這些士卒優先從本衛補充。
大明軍法嚴苛，朱載坖雖然將這些邊堡劃給衛所管理，但是也再次重申大明的軍法，失土者斬，朱載坖打算以山西三鎮作為一個試點，厘清大明的軍製，大明的軍製原本確實是非常之混亂，衛所兵、鎮戍兵、營兵、募兵，各種不同的兵製混雜在一起，既難以指揮調度，又弊病叢生。
朱載坖決心改變大明的兵製，統一編製，明晰權責，朱載坖召集練兵軍務處的所有參讚軍務大臣們商量應該怎麼處理這些事情，現在大明的情況是很現實，衛所是顯然不能夠滿足大明的需要的，但是募兵製所帶來的財政壓力也是大明所無法接受的，所以朱載坖必須在衛所和募兵之間尋找一個平衡點。
衛所製度的優點是相對省錢，但是戰鬥力差，募兵製的戰鬥力強，但是對朝廷的經濟壓力大，所以衛所和募兵要兼而采之，用衛所守土，用營兵擊敵。
山西都司和山西行都司一共是二十四衛，還有萬全都司轄十一衛和七個守禦千戶所，他們負責守衛沿邊的各個邊堡和各州縣的城池，按照朱載坖和參讚軍務大臣們的商量，三個都司負責大同、宣府、山西三鎮各邊堡和城市的守備和防禦。
朱載坖等人經過計算，除了劃歸給衛所的邊堡士卒之外，各衛所出十分之二的士卒，就可以完成邊堡和城市的守備任務，凡是脫產的士卒，其待遇都是一樣的，不分衛所和募兵出身。
而宣府、大同、山西三鎮的官軍，則主要成為野戰部隊，以營為單位，負責互相唿應和出塞擊敵，按照轄區設置相應的遊擊、參將等軍官，負責支援本轄區的所有邊堡，在朝廷決定執行大規模征討任務的時候，也隻調用三鎮的官軍，而不調用三都司的官軍。
朱載坖的改革主要是為了提高官軍的戰鬥力，保障官軍的待遇，之前由於大明軍製混亂，往往出現的情況是：“主兵不足，增以募兵，募兵不足，增以客兵，調集多於往時而坐食愈眾。屯糧不足，加以民糧，民糧不足，加以鹽糧，鹽糧不足，加以京運，饋餉溢於常額，而橫費者滋甚。”
各種不同的軍製，導致的結果是就是看似朝廷在九邊軍鎮屯駐了六十多萬大軍，實際上能用的有多少？大部分朝廷的餉銀和軍儲並沒有落入士卒的手中，反而被各級將校和官員們層層瓜分了，朱載坖決心要改變這種情況，永樂時九邊不過二十四萬人，多亦不過四十萬，現在大明在九邊屯駐六十萬大軍，其中到底有多少空額，隻有天知道。
統一軍製的另外一個目的就是統一營製，大明之前的營製混亂，一鎮、一協一營到底有多少人，從無定製，全憑總兵心情，需要多少士卒，應該編製多少兵器，步兵、多少、騎兵多少、戰馬多少、火炮多少，從無一定之規，這是朱載坖要改變的事情。
朱載坖現在就是要統一編製，這樣才方便官軍的指揮調度和訓練，同時諸軍兵種合同訓練，培養官軍步炮騎協同作戰的能力，戚繼光之前在薊鎮搞的車炮營就很有參考價值，朱載坖的意思以薊鎮車炮營為藍本，製定一個編製製度，主要是兩種編製，步炮騎合編合訓的常設協，還有就是單獨的騎兵單位，以騎兵為主要的作戰力量，編製騎兵、炮兵等作戰力量。
朱載坖認為，最大的單位就是鎮了，一鎮下設若幹協和標，騎兵以標為單位編製，騎兵每標為一千五百人，其中騎兵一千二百人，還是獸醫、騎炮十八門，騎炮有官軍的三斤、四斤火炮改造而來，盡可能的輕便，以能夠使得炮兵能夠跟隨騎兵行動，提高他們的機動能力。
而步騎炮合編的每協，則有六千五百人，由兩標步卒四千人，一標不帶騎炮的騎兵一千二百人，一標炮兵轄 3 營 1728 人， 計 1756 人。 炮54門和一標輜重兵八百人，大車一百八十輛所構成，協是官軍主要的作戰力量，一鎮官軍有各協和獨立的各騎兵標組成。
協的長官就是參將，獨立騎兵標的長官都是遊擊將軍，若幹協和獨立騎兵標就構成了一鎮官軍，這樣的話，這一鎮官軍就全都是野戰全訓部隊，可以隨時拉動，不管是支援邊堡還是出邊征討蒙古人，都是全部拉動的。
這樣一來，鎮-協-標-營-隊-排-伍的指揮體係就順暢了起來，在京師，有練兵軍務處給五軍都督府下達命令，五軍都督府負責對各都司衛所進行管理，而各鎮官軍，直接由皇帝通過練兵軍務處指揮，加強朝廷對於軍隊的控製。