朱載坖這麼做的主要目的削弱巡撫、總督的軍權(quán)，加強朝廷對於邊鎮(zhèn)軍隊的控製能力。
按照朱載坖準(zhǔn)備在宣大山西實行的新軍製，巡撫直接領(lǐng)導(dǎo)都指揮使，是守土有責(zé)的封疆大吏，巡撫的主要職責(zé)是守衛(wèi)疆土、平息叛亂，領(lǐng)導(dǎo)布政使司、按察使司和都指揮使司推行朝廷政策，安靖地方，而總督的職責(zé)是禦敵於國門之外，總督和提督的職能在這次改革中獲得了明確的劃分。
總督作為朝廷派出的欽差，主要的任務(wù)就是監(jiān)督提督、總兵和都指揮使等各級軍官，核實軍籍，清查軍儲，監(jiān)督提督、總兵等各級軍官按照朝廷的指令用兵，同時負(fù)責(zé)後勤保障，轉(zhuǎn)運糧秣等事情，在戰(zhàn)時負(fù)責(zé)整肅軍紀(jì)、核實軍功等事情，同時對於邊鎮(zhèn)大規(guī)模的軍事行動，總督有獨立建議權(quán)，可以通過密疏直接向皇帝建議。
同時對於和戰(zhàn)問題還有邊鎮(zhèn)臨時出現(xiàn)的來不及請示的戰(zhàn)事，總督有專斷之權(quán)，提督必須接受總督的方略，但是提督才是本轄區(qū)最高軍事長官，獨立行使指揮權(quán)，總督隻能參劾但是不能越過提督指揮總兵，臨敵應(yīng)變是提督、總兵的權(quán)柄，與巡撫、總督無涉，同時提督還有直接向皇帝上密疏的權(quán)力，提督、總兵主要是接受練兵軍務(wù)處的指揮而非是總督和巡撫的指揮。
這點是朱載坖早就要做的，也就是朱載坖一直提的重將權(quán)，將行政權(quán)力和軍事權(quán)力分開，巡撫負(fù)有守土之責(zé)，而總督更多的是對地方行政的監(jiān)督，同時保障大軍後勤，監(jiān)督大軍行動，作為朝廷的欽差，核實軍籍、軍功，與提督一道製定作戰(zhàn)方略。
而提督則是作為朝廷派駐一個地域的軍事長官，領(lǐng)帶下轄的所有總兵和都指揮使，對於轄區(qū)的安全負(fù)有責(zé)任，朱載坖給總兵、提督的責(zé)任是詳查敵情，先敵而動，禦敵於國門之外，殲敵於曠野之間。同時明確各級軍官的任免權(quán)限，一棚的小旗官由遊擊將軍負(fù)責(zé)任命，報兵部備案即可，一排總旗官由遊擊將軍報參將批準(zhǔn)之後，向兵部報備即可。
而一隊的百戶官，則要由參將上報副將，經(jīng)總兵官審核之後，由總督和提督向兵部報備，一營的千戶，則由總兵官提請?zhí)岫健⒖偠綄徍酥幔瑘蟊颗鷾?zhǔn)，而千戶以上軍官，由提督、總督向兵部提交名單，由兵部向練兵軍務(wù)處提報，經(jīng)朱載坖禦批之後，方可任命，對於軍官的任免權(quán)，要牢牢的控製在朝廷手中，決不能假手他人，杜絕藩鎮(zhèn)之弊。
朱載坖命令練兵軍務(wù)處將這個山西三鎮(zhèn)整軍方略以密旨的形式下達給山西三鎮(zhèn)的總督、巡撫總兵和提督，聽取他們的意見，他們認(rèn)為騎兵還是也要以協(xié)為單位，一標(biāo)騎兵還是太少了，同時他們的認(rèn)為將大量的邊堡士卒劃給了都指揮使司之後，都指揮使司和巡撫也要組建自己的機兵，用以邊堡之間的互相唿應(yīng)和鎮(zhèn)壓盜賊和各種反叛活動。
總之，要是實行新軍製之後，三鎮(zhèn)官軍主要就是野戰(zhàn)官軍，而地方都指揮使司則是負(fù)責(zé)邊堡的防禦和內(nèi)衛(wèi)事宜，和地方的關(guān)係更加緊密，直接受總督、巡撫的指揮和五軍都督府的管理，而三鎮(zhèn)官軍則是更多的野戰(zhàn)和出塞迎敵。
按照山西官員們的建議，朱載坖再次和練兵軍務(wù)處的參讚軍務(wù)大臣還有部院大臣商量了之後，認(rèn)為確實應(yīng)該增加各都司的機兵，以應(yīng)對地方可能出現(xiàn)的各種的情況，因為在實行新軍製之後，三鎮(zhèn)官軍是基本不會參與地方事務(wù)，直接接受朝廷指揮了，所以在朱載坖和練兵軍務(wù)處的參讚軍務(wù)大臣們商量之後，決定以山西都司、山西行都司、萬全都司所轄的三十餘衛(wèi)，除了在邊堡之外，還要整編出四協(xié)機兵。
一協(xié)駐太原，兼巡撫標(biāo)營，負(fù)責(zé)協(xié)防太原，彈壓山西全境，一協(xié)駐老營堡，負(fù)責(zé)支援從河曲到磨兒山的邊堡，一協(xié)駐陽和，負(fù)責(zé)從威遠(yuǎn)衛(wèi)到鎮(zhèn)虜衛(wèi)的邊堡，一協(xié)駐宣府鎮(zhèn)，負(fù)責(zé)從懷安衛(wèi)到萬全右衛(wèi)的邊堡，同時編練精騎一協(xié)，駐太原，由巡撫直接掌握。
這樣一來，駐防沿邊堡壘和各都司的機兵一共是十萬七千餘人，他們主要負(fù)責(zé)守衛(wèi)邊堡，彈壓叛亂。
而三鎮(zhèn)官軍則是統(tǒng)一整編為十五個步騎炮協(xié)和五個騎兵協(xié)，一共十一萬二千五百人，再加上專門給這三鎮(zhèn)大軍增加的輜重營等，總計人數(shù)為十二萬七千五百人，其中精騎二萬五千餘，計劃裝備火炮一千餘門，隆慶十年式燧發(fā)火銃六萬餘支。
整編之後的宣大山西三鎮(zhèn)官軍加上三都司官軍，一共是二十三萬四千五百人，比之原本的宣大山西三鎮(zhèn)，還是瘦身了不少，根據(jù)之前的清查，山西鎮(zhèn)實有軍士五萬五千二百九十五人，宣府鎮(zhèn)是十五萬一千四百五十二人，大同鎮(zhèn)是十三萬五千七百七十八人。
根據(jù)這個新的編製計劃，可以裁減軍額十萬八千二十五人，瘦身的比例不可謂不低啊，朱載坖這樣做，就是將官軍的空餉和水分給擠出來，同時裁汰一些老弱病殘的士卒，而這些被裁汰的士卒，也要安置在山西的各衙門和巡檢司中，加強朝廷對於地方的控製。
根據(jù)馬芳等人的迴報，三鎮(zhèn)官軍中的空餉仍舊存在，大概在一到兩成成左右，朱載坖這次就是要將這協(xié)空餉的水分?jǐn)D出來，朱載坖派遣清軍禦史、衛(wèi)尉寺評事，在欽差的監(jiān)督下，測試士卒，要達到朝廷設(shè)置的標(biāo)準(zhǔn)才能留下在三鎮(zhèn)官軍中。
因為減少了軍額，朱載坖還要在山西諸鎮(zhèn)實行新的軍餉製度，簡而言之就是加工資，將原本大明一直實行的月糧行糧製度改為軍餉加實物供給製度。
大明原本都是實行的月糧和行糧製度，平時月糧，戰(zhàn)時支給行糧，主要是實物軍餉，這對於朝廷和士卒來說，都是很不方便的，朝廷苦於轉(zhuǎn)運，士卒苦於克扣，都很痛苦。