張居正在迴鄉(xiāng)守製之前，也向朱載坖上疏闡述了自己的對於新政的看法，張居正認(rèn)為要繼續(xù)推動財稅的改革，朝廷改革的重心還是要放到財稅上來，省並稅製，提高折色比例，加強(qiáng)對於地方的財政監(jiān)管，同時推廣一條鞭法。
對於張居正的奏疏，朱載坖溫言安慰，要求張居正在守製期間，替朱載坖詳細(xì)看看新政在地方的推行情況，同時有任何事情，都可以直接向朱載坖密疏奏報。
朱載坖雖然同意了張居正守製，但是並沒有免去張居正的建極殿大學(xué)士的職務(wù)，同時還給張居正加了湖廣觀察使的職務(wù)，這個職務(wù)是大明所沒有的，朱載坖給張居正加湖廣觀察使就是讓張居正去看看大明的地方吏治情況，尤其是大明實(shí)行新政之後，三途並進(jìn)，朝廷對於地方的控製能力是否得到了加強(qiáng)。
張居正離任之後，李春芳趕緊奏請朱載坖增補(bǔ)閣臣，按照內(nèi)閣的排序，張居正走後，內(nèi)閣的成員是首輔李春芳，次輔殷士儋，閣臣陳以勤、張四維，還有一個督師南京大學(xué)士呂調(diào)陽，看似有五個人，但是實(shí)際上幹活的人不夠了，呂調(diào)陽督師南京，張四維巡視九邊，陳以勤隻想修書，根本不管政務(wù)。
張居正一走，內(nèi)閣實(shí)際上就隻有李春芳和殷士儋兩個人幹活，李春芳都快七十了，實(shí)在經(jīng)不起這麼折騰，趕緊上疏朱載坖要求增加內(nèi)閣輔臣，朱載坖則是派人詢問在京師的養(yǎng)病的前首輔高拱，希望高拱能夠重新出山，但是高拱拒絕了朱載坖的邀請，一來是高拱現(xiàn)在身體大不如前，不願承受案牘勞形，二來是現(xiàn)在高拱承擔(dān)著組建顧問諮詢會議的重任，相比於到內(nèi)閣去給朱載坖當(dāng)牛馬，高拱覺得還不如這個顧問諮詢會議好了，畢竟可以給內(nèi)閣當(dāng)?shù)嵌嗍且患朗掳 ?br />
所以高拱根本不願意重新出山，但是現(xiàn)在內(nèi)閣增補(bǔ)閣臣確實(shí)是很有必要的，還好張居正走的時候向朱載坖推薦了兩人，禮部尚書潘晟和南京禮部尚書馬自強(qiáng)，朱載坖經(jīng)過思慮之後，下旨，原南京禮部尚書馬自強(qiáng)遷禮部尚書，禮部尚書潘晟入閣預(yù)機(jī)務(wù)。
同時李春芳向朱載坖推薦了國子祭酒餘有丁，餘有丁在國子祭酒任上，作風(fēng)強(qiáng)硬，整頓學(xué)風(fēng)，太學(xué)生多喜歡結(jié)伴閑遊，怠惰於學(xué)。餘有丁任國子監(jiān)祭酒後，覺得國子監(jiān)學(xué)風(fēng)不振，便嚴(yán)加禁止此類活動，並下令諸生相互監(jiān)督檢舉，如果有違規(guī)不報者，則一同連坐受懲，學(xué)風(fēng)為之好轉(zhuǎn)。李春芳認(rèn)為大明就需要這樣的官員，不僅要整頓學(xué)風(fēng)，還要整頓官場風(fēng)氣才行。
朱載坖深以為然，下旨升餘有丁為吏部左侍郎署流外銓選院事，負(fù)責(zé)吏員的考選工作。
同時巡視九邊大學(xué)士張四維向朱載坖上疏，嚴(yán)厲參劾戶部駐宣大三鎮(zhèn)的管糧郎中、主事，還有三鎮(zhèn)負(fù)責(zé)軍儲的軍官，貪贓枉法，致使邊鎮(zhèn)軍儲缺失，官軍糧秣不足，朱載坖攬奏盛怒，責(zé)令戶部尚書鄢懋卿、左都禦史海瑞嚴(yán)查此事，朱載坖在上諭中明確說道：“軍儲幹係甚大，豈可輕忽？官軍糧秣，斷不可缺少，涉案官吏，一體糾劾，送法司嚴(yán)審，所虧軍儲，務(wù)必補(bǔ)齊！”
張四維作為巡視九邊大學(xué)士，當(dāng)然主要是負(fù)責(zé)發(fā)現(xiàn)問題，而不是解決問題的，朱載坖下旨任命工部尚書兼文思院使嚴(yán)世蕃權(quán)右都禦史與戶部左侍郎王國光一道，赴山西查辦軍儲虧空一案，朱載坖力排眾議，選擇嚴(yán)世蕃和王國光兩人也是經(jīng)過朱載坖的深思熟慮的，嚴(yán)世蕃就自不待言了，當(dāng)年威名赫赫的小閣老，在貪墨這條賽道上，絕對是妥妥的宗師級人物，對於這些小蝦米的手段，嚴(yán)世蕃不要太清楚了。
王國光也是精於會計的人物，朱載坖就是要借用他們兩人的才幹，去整肅軍儲，朱載坖很清楚，軍儲一向是大明貪墨的重點(diǎn)，這一本爛賬，可不好弄。
朱載坖專門召見了嚴(yán)世蕃和王國光兩人，朱載坖問道：“這軍儲一案，二位有什麼看法啊？”
嚴(yán)世蕃認(rèn)為，這軍儲中的貪墨，雖然名目眾多，但是萬變不離其宗，總歸不過幾種途徑，一來就是偽報，也就是通過偽造朝廷的各種的文書，將倉庫中的各種物資轉(zhuǎn)走變賣私分，二來就是虛報，也就是以少報多，在正常進(jìn)出庫的時候做手腳，三就是各種陋規(guī)了。
王國光也讚同嚴(yán)世蕃的看法，這些賬目隻要認(rèn)真查，肯定是能夠查出問題來的，不過朱載坖不僅僅是為了查辦軍儲虧空一案，還要以此建立一整套製度，防範(fàn)軍儲虧空，保障士卒的夥食標(biāo)準(zhǔn)，朝廷現(xiàn)在大幅度增加軍士的夥食，這些貪官汙吏們肯定又要想辦法從中上下其手了，朱載坖是不能容忍這種行為的，所以朱載坖要求嚴(yán)世蕃和王國光查看軍儲的實(shí)際情況，保障士卒和官軍的軍糧。
受命之後的嚴(yán)世蕃和王國光立即趕赴山西，查辦此案。
而參讚軍務(wù)大臣順寧侯俞大猷、蓬萊侯戚繼光向朱載坖上疏，要求詳定甲胄形製，保障大明的軍備，大明和前宋在甲胄的路上是走了兩個極端，前宋多重甲，其中的步人甲防護(hù)力驚人，但是也過於沉重，對士卒的體力消耗過大，而大明由於火器的增加，多使用輕甲，不太喜歡用重甲。
但是俞大猷、戚繼光等人認(rèn)為，在現(xiàn)在的官軍中還是要配置一些重甲，主要是用於長槍、殺手隊等近戰(zhàn)肉搏的士卒，有重甲的保護(hù)，可以有效的減少傷亡，同時火銃、弓弩等兵種，也要增加一些甲胄，提高對於蒙古人箭矢的防護(hù)能力。
尤其是頭盔和護(hù)頸，要製造鐵盔和增加鎖甲的護(hù)頸，軍盔前簷合垂齊眉，後簷合垂齊項，左右加掩耳甲，領(lǐng)高護(hù)喉，頸麵帶神臉，皆以鐵為之，提高對於蒙古人箭矢的防護(hù)力。